A patogénese das falhas transversais de formação é hipotetizada como sendo uma perturbação do padrão próximo-distal da crista ectodérmica apical (AER) durante a formação do membro. Foi sugerido que há uma interrupção do fornecimento de sangue ao AER numa fase precoce do desenvolvimento. Curiosamente, a colheita de vilosidades coriónicas e as tentativas falhadas de interrupção mecânica da gravidez têm sido associadas a falhas transversais na formação e tem sido sugerido que estes insultos mecânicos prejudicam o fornecimento vascular do REA. Um insulto vascular semelhante e uma anormalidade do membro podem ser induzidos pela ingestão ilícita de misoprostol para provocar o aborto.
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