As glândulas salivares e lacrimais ficam infiltradas com linfócitos e os ácinos são progressivamente destruídos. A maioria dos linfócitos são células T, com predomínio de células T helper/indutoras (CD4).
O epitélio dos ductos torna-se hiperplásico, formando cilindros no lúmen e bloqueando os ductos mais pequenos. A metaplasia das glândulas mucosas do epitélio dos ductos pode dar origem a uma saliva gelatinosa em alguns doentes. As estenoses, as dilatações dos ductos e a infeção ascendente complicam o quadro.
Hiperatividade das células B - os auto-anticorpos circulantes são caraterísticos da síndrome de Sjogren. Os anticorpos são dirigidos contra antigénios não específicos dos órgãos, tais como imunoglobulinas (factores reumatóides) e pequenas ribonucleoproteínas citoplasmáticas (anti-Ro e anti-La). Estes auto-anticorpos não parecem ter um papel patogénico.
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