Os Cyclospora humanos são redondos ou ovóides (7-9 micrómetros). A microscopia ótica revela esferas refractárias semelhantes a mórulas (amoreiras) contendo aglomerados de glóbulos refractários encerrados numa membrana. A coloração ácido-resistente revela organismos ácido-resistentes de cor vermelho-escuro variável e esferas transparentes não coradas. A microscopia de epifluorescência ultravioleta faz com que os organismos se autofluorescem (azul). Este organismo pode ser confundido com cryptosporidium.
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