A abordagem baseada em provas não é uma panaceia para todas as decisões médicas.
Algumas práticas clínicas estabeleceram-se sem "provas", por exemplo, a utilização de diuréticos intravenosos no edema pulmonar agudo evoluiu sem qualquer ensaio formal controlado e aleatório. Nessas circunstâncias, um pedido de ensaio que comparasse essa intervenção com um placebo não seria ético. Ignorar intervenções obviamente bem sucedidas devido à falta de provas seria levar o paradigma da MBE a extremos ridículos.
Além disso, a recolha de "provas" para doenças pouco frequentes é difícil e, apesar da utilização de ferramentas como a meta-análise, pode não ser possível analisar adequadamente as "provas" relacionadas com aspectos de doenças pouco frequentes.
A medicina baseada na evidência baseia-se em dados relativos a populações definidas de doentes. Muitas vezes, os critérios de entrada em determinados ensaios são, necessariamente, rígidos. Os ensaios clínicos só podem analisar um cenário específico dos que podem existir na prática clínica. Seria impossível realizar ensaios relativos a intervenções com todas as permutações possíveis de populações clínicas em que uma intervenção pode ser aplicável. Por conseguinte, as conclusões relativas às populações dos ensaios são induzidas a serem também verdadeiras para outras populações que necessitem de uma intervenção semelhante. Um doente pode sofrer de múltiplas patologias e ser diferente de qualquer outro doente em estudos específicos nos quais se baseiam as "provas". Será que a "evidência" é válida para esse doente em particular? Não há forma de saber a resposta, apenas de a induzir.
Por conseguinte, embora as "provas" sejam muito importantes, há que reconhecer as limitações da adoção de uma abordagem científica puritana. A medicina é arte e ciência. As decisões devem ter em conta as "provas" (ou a falta de "provas") no contexto de cada doente.
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