Os diferenciais óbvios incluem causas de morte como a sépsis fulminante e malformações congénitas não detectadas.
O diagnóstico diferencial inclui
- erros inatos do metabolismo, particularmente a deficiência de acil-CoA desidrogenase de cadeia média, que se diz ser responsável por até 5% da morte súbita infantil em algumas populações
- infanticídio, quer como parte de negligência, abuso físico ou como parte da síndrome de Munchausen por procuração
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