A conjuntivite é geralmente de origem bacteriana mas, não raramente, é um componente de muitas infecções não bacterianas, como o sarampo, a rubéola, a leptospirose, a doença de Reiter e a tularemia.
Uma conjuntivite persistente é sugestiva de uma etiologia viral ou alérgica.
Uma conjuntivite aguda purulenta pode ser uma sequela rara de um agente infecioso potente como o gonococo.
A conjuntivite por clamídia - como o tracoma - é uma causa comum de cegueira nos países tropicais e subtropicais.
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