Enzyme sind im Grunde genommen Proteine; die genaue Aminosäuresequenz bestimmt die Sekundärstruktur durch die Interaktion zwischen den einzelnen Seitengruppen:
Oft sind hydrophobe Gruppen in der Mitte eines kugelförmigen Moleküls mit Kombinationen dieser Strukturen versteckt. Das Enzym bildet einen Komplex mit seinem Substrat, bevor es dessen Umwandlung in ein Produkt katalysiert. Die Reaktion hängt in der Regel von einem aktiven Zentrum ab, in der Regel einem Spalt im Molekül, in den das Substrat eindringt. Die Form des aktiven Zentrums ist ausschlaggebend dafür, dass das richtige Substrat in der richtigen Ausrichtung eintritt, um unter Spannung gesetzt zu werden oder mit Coenzymen in Verbindung zu treten.
Lysozym zum Beispiel ist ein Enzym, das das Polysaccharid in bakteriellen Zellwänden spaltet. Es ist ein Polypeptid mit 129 Aminosäureresten, die ein globuläres Molekül mit sowohl alpha-helicaler als auch beta-gefalteter Blattstruktur bilden. Sein aktives Zentrum ist ein Spalt, in den 6 Aminosäuren passen und der die Bindung zwischen der vierten und fünften spaltet.
Auch Enzyme können in verschiedenen Isoenzymen und Formen auftreten. Sie sind oft auf Co-Enzyme und Co-Faktoren angewiesen.
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