Los ácidos grasos son oxidados dentro de las mitocondrias por la mayoría de las células del cuerpo, excepto las del cerebro y el intestino, para producir energía. La fuente habitual del sustrato es la liberación desde los adipocitos. Esto puede ocurrir en momentos de inanición y de ejercicio. La velocidad de oxidación viene determinada por la velocidad de degradación de los triglicéridos en los adipocitos, ya que la mayoría de las enzimas de la vía no están fisiológicamente saturadas.
El ácido graso pasa al citoplasma de la célula donde forma un derivado tioéster por combinación con la coenzima A. A continuación, la cadena de ácidos grasos se transporta a la mitocondria tras transferirse a una molécula de carnitina. El compuesto de carnitina es transportado hacia el interior por un transportador de membrana específico. Al otro lado de la membrana, la coenzima A se cambia por carnitina. La enzima que cataliza esta reacción es la carnitina palmitoiltransferasa.
A continuación, los ácidos grasos saturados se oxidan por la acción de 4 enzimas. La oxidación precede a la escisión de 2 átomos de carbono en cada ciclo. Secuencialmente, las enzimas son:
La energía se libera de 3 formas
Las excepciones a esta secuencia son
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