La mayoría de los casos son idiopáticos. Sin embargo, hay una serie de asociaciones importantes, entre las que se incluyen:
- trisomías 13 y 18
- síndrome de Kallman
- holoprosencefalia
- medicamentos maternos durante el embarazo, en particular fenitoína
- secuencia de Pierre-Robin
- síndrome de Goldenhar
- síndrome EEC
- existe un elemento hereditario que es poligénico
El paladar hendido aislado es más frecuente en las mujeres. Sin embargo, el paladar hendido asociado a labio leporino es más frecuente en varones.
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