- trissomias, em particular a de Down, e também a 18 e a 13 (embora uma AFP baixa não seja tão exacta na previsão da Down como uma AFP alta o é na previsão da espinha bífida).
- uma AFP baixa pode ser observada em mães que têm diabetes, sem implicação de trissomia.
- sobre-estimação da gestação
- peso materno acima da média
- aborto espontâneo
- algumas gravidezes molares
- gravidez inviável
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