Os efeitos secundários incluem
- glossite
- erupções cutâneas
- eritema multiforme - incluindo síndroma de Stevens-Johnson
- necrólise epidérmica
- náuseas e vómitos
- efeitos hematológicos devidos ao trimetoprim
- eosinofilia
- agranulocitose
- granulocitopenia
- anemia megaloblástica
- púrpura
- leucopénia
O risco de desenvolver eritema multiforme, síndrome de Stevens-Johnson e necrólise epidérmica tóxica foi de 1,7/100 000 utilizadores de cotrimoxazol (IC 95% 0,7, 4,4) e 0,8/100 000 utilizadores de trimetoprim (IC 95% 0,2, 2,7).
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