Na maioria dos casos, esta causa é desconhecida. A herança multifatorial é a causa mais frequentemente identificada para as malformações major, seguida das doenças monogénicas e cromossómicas.
O desequilíbrio cromossómico, a deleção e duplicação de autossomas e mais de 250 doenças de um único gene estão associados a malformações congénitas graves. É fundamental reconhecer estas condições para que o aconselhamento familiar possa ser efectuado.
As doenças maternas contribuem para cerca de 3% de todas as malformações congénitas major. A diabetes materna e, em especial, a qualidade do seu controlo, a epilepsia e a fenilcetonúria são famosas a este respeito.
As drogas, as radiações de raios X e o álcool contribuem apenas com um mínimo de 1% para as malformações graves à nascença.
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