A verdadeira malabsorção proteica é muito rara. Pode haver um metabolismo excessivo de proteínas na dieta num crescimento bacteriano excessivo. Isto pode ser identificado num teste de C-glicocolato marcado. Uma enteropatia perdedora de proteínas pode ser identificada pela perda de albumina marcada com crómio.
Pode haver uma deficiência congénita ou ausência dos transportadores de determinados aminoácidos através da membrana entérica. Os exemplos incluem a doença de Hartnup e a cistinúria.
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