É necessário distinguir a meningite de outras doenças que se podem apresentar com dor de cabeça, vómitos e rigidez do pescoço, que incluem
- hemorragia subaracnóidea
- enxaqueca
Quando um organismo não pode ser identificado por coloração ou quando o LCR contém um quadro misto de células mononucleares e polimorfos, ou apenas células mononucleares, podem ser consideradas as seguintes condições
- meningite parcialmente tratada
- meningite viral
- meningite tuberculosa
- meningite neoplásica
- meningite sifilítica
- meningite fúngica
- abcesso intracraniano
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