Los cálculos pigmentarios se asocian a una producción excesiva de bilirrubina, por ejemplo en:
- hemólisis crónica - por ejemplo, esferocitosis hereditaria, anemia falciforme, talasemia, paludismo, leucemia
- cirrosis hepática - especialmente en Extremo Oriente, donde la hepatitis vírica es frecuente
- estasis biliar - por ejemplo, un conducto común estenosado o muy dilatado
- infección bacteriana: el 90% de los cálculos pigmentarios están formados por mezclas densas de bacterias y glicocálix bacteriano junto con sólidos pigmentarios. Es probable que la á-glucoronidasa bacteriana sea responsable de la desconjugación de la bilirrubina soluble diglucoronida a bilirrubina no conjugada, que posteriormente se aglomera por el glicocálix en cálculos macroscópicos.
Especialmente en Asia, los cálculos pigmentarios se asocian a infestaciones:
- Clonorchis sinensis
- Fasciola hepatica
- Ascaris lumbricoides
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