Plus de 90 % des diarrhées infectieuses chez les nourrissons sont d'origine virale - en fait, 90 % d'entre elles sont causées par le rotavirus, un virus qui peut provoquer des infections du tractus gastro-intestinal et de l'appareil urinaire. Parmi les autres virus figurent l'Echo et les entérovirus.
Une étiologie bactérienne est suggérée par une pyrexie élevée et une diarrhée sanglante. Il s'agit principalement d'E. coli entéropathique, mais il ne faut pas oublier Shigella, Salmonella et Campylobacter. Le choléra doit être pris en compte dans le monde entier, en particulier en Amérique du Sud.
Les infections chroniques peuvent suggérer la présence de protozoaires, par exemple Giardia lamblia. Ce dernier provoque trois ou quatre épisodes de diarrhée nauséabonde par jour et le diagnostic est posé sur la base des kystes trouvés dans les selles.
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