Na maioria dos casos, a causa é desconhecida.
Nos restantes, o colangiocarcinoma pode estar associado a:
- colangite esclerosante primária, frequentemente com colite ulcerosa
- doença fibropolicística congénita:
- doença de Caroli
- fibrose hepática congénita
- cisto de colédoco
- fígado policístico
- cirrose biliar devido a atresia biliar
- infeção crónica por Clonorchis sinensis - especialmente no Extremo Oriente
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