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Na maioria dos casos, a causa é desconhecida.

Nos restantes, o colangiocarcinoma pode estar associado a:

  • colangite esclerosante primária, frequentemente com colite ulcerosa

  • doença fibropolicística congénita:
    • doença de Caroli
    • fibrose hepática congénita
    • cisto de colédoco
    • fígado policístico

  • cirrose biliar devido a atresia biliar

  • infeção crónica por Clonorchis sinensis - especialmente no Extremo Oriente

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