As seguintes doenças auto-imunes foram tratadas com interferões. As indicações que foram aprovadas pela FDA (em janeiro de 1996) estão assinaladas com um asterisco:
- doença granulomatosa crónica *
- esclerose múltipla *
- lúpus eritematoso discoide
- doença de Behçet
- dermatite atópica
- rinite alérgica
- síndrome de hiper IgE
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