As causas incluem:
- esclerose tuberosa - tende a ser subependimária, mas pode haver tubérculos corticais
- toxoplasmose congénita ou citomegalovírus congénito; tende a ser múltipla, dispersa e simétrica
- tuberculose
- craniofaringioma
- oligodendroglioma
- meningioma
- ependimoma
- aneurismas intracranianos
- malformações AV
- doença granulomatosa
- hipoparatiroidismo e pseudo-hipoparatiroidismo
- calcificação dos gânglios basais (comum), do plexo coroide, do cerebelo (núcleo denteado)
- Síndroma de Sturge-Weber
- cisticercose
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