As causas não infecciosas de diarreia tendem a causar uma diarreia mais crónica. As causas incluem:
- intolerância aos monossacáridos
- intolerância aos dissacáridos
- intolerância ao leite de vaca
- doença celíaca
- colite ulcerosa e doença de Crohn
- fibrose cística
- agamaglobulinémia
- acrodermatite enteropática - deficiência de zinco
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