Os cálculos pigmentares estão associados à produção excessiva de bilirrubina, por exemplo em
- hemólise crónica - por exemplo, esferocitose hereditária, anemia falciforme, talassemia, malária, leucemia
- cirrose hepática - especialmente no Extremo Oriente, onde a hepatite viral é comum
- estase biliar - por exemplo, uma estenose ou uma dilatação acentuada do ducto comum
- infeção bacteriana - 90% dos cálculos pigmentares são compostos por misturas densas de bactérias e glicocálix bacteriano juntamente com sólidos pigmentares. É provável que a á-glucoronidase bacteriana seja responsável pela desconjugação do diglucoronídeo de bilirrubina solúvel em bilirrubina não conjugada, que subsequentemente é aglomerada pelo glicocálix em cálculos macroscópicos.
Particularmente na Ásia, os cálculos pigmentares estão associados a infestações:
- Clonorchis sinensis
- Fasciola hepatica
- Ascaris lumbricoides
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